航天飞机、宇宙飞船和火箭在用途、结构和工作方式上存在明显不同。

1. 用途：航天飞机是运载火箭的升级产品，用于将地面物体送至地球轨道，往返于地面与地球轨道之间。宇宙飞船则是在外太空之间飞行使用的，例如从地球飞往比邻星。

2. 结构：航天飞机具有自已的动力系统和巨大的外挂燃料箱，为了减少空气阻力并在降落时充分利用空气动力，航天飞机有着非常漂亮的气动外形。宇宙飞船有动力系统，但现阶段的主要动力源是太阳能电池，因此不需要外接动力源。此外，由于在外太空飞行，宇宙飞船的外形没有特殊要求，看起来比较简单。

3. 工作方式：航天飞机是以飞机降落的方式返回，在机场滑行时有减速伞减速。宇宙飞船则垂直降落返回，在大气层由降落伞减速，接近地面时由喷气反推减震。

总的来说，航天飞机、宇宙飞船和火箭在用途、结构和工作方式上存在明显不同。航天飞机和宇宙飞船都是利用火箭发射升空的。