崇明岛到南通的轮渡货车收费根据车型、货物种类和数量、时段等因素计算。

具体收费标准如下：

1. 小型货车：每辆大约150元。

2. 中型货车：需要交纳大约300元。

3. 大型货车：需要交纳大约500元或以上。

此外，如果货车承载的是易燃易爆、有毒有害或者特殊货物，则需要交纳更高的费用。而如果货车载货量多，也会增加收费金额。此外，节假日和旅游旺季的收费会比平日要平均高出200元左右。